L'histoire prend place dans un futur lointain où, après une guerre interplanétaire, l'humanité a fui la Terre et commencé à coloniser l'espace. Dans cette nouvelle société, le divertissement est devenu interdit, mais un groupe d'idoles connu sous le nom d'AKB0048 s'oppose à cette oppression en proposant des concerts pour leurs fans et prend ainsi les armes pour se défendre face à l'Alliance Super Galactique et sa brigade anti-divertissement qui les considèrent comme des terroristes... Quatre ans après leur représentation sur Lancastar, Nagisa, Yuuka et Orine, qui étaient spectatrices lors de ce concert interdit, passeront les auditions malgré les dangers, dans le but de rejoindre leur groupe d'idoles favori.

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