La mini-série raconte les événements ayant conduits aux attaques du 11 septembre 2001 par Al-Qaïda, allant de l'attentat du World Trade Center de 1993 aux minutes après l'effondrement des tours du World Trade Center en 2001. La série se base sur les rapports de la commission du 11 Septembre. Le film suit deux personnages principaux : John P. O'Neill et un agent fictif de la CIA, nommé Kirk. O'Neill était un expert de l'antiterrorisme travaillant au FBI qui fut tué dans l'effondrement des tours jumelles du World Trade Center 19 jours après avoir été nommé chef de la sécurité du WTC. L'agent spécial de la CIA, Kirk, est vu en train de négocier avec plusieurs alliés des Américains, principalement avec le chef de l'Alliance du Nord, Ahmed Chah Massoud, en Afghanistan.