L'histoire se déroule en 2059, cinq décennies après le conflit de la Première Guerre Spatiale présenté dans la première histoire de Macross. Dans Macross Frontier, la 25e flotte de colonisation à longue distance de la Nouvelle Classe Macross voyage à travers la galaxie vers un nouveau paradis qu'ils espèrent appeler chez eux. Cependant, la flotte se retrouve bloquée dans une guerre contre un étrange ennemi nommé Vajra. Ozma Lee, le leader de l'équipe S.M.S. Skull, qui combat les Vajra en première ligne, rencontre un jour une forme de vie mystérieuse, différente même des Vajra. Cette forme de vie mystérieuse laisse une cassette VHS contenant des images de la flotte de colonisation Macross 7, avec Ozma, Ranka et Sheryl. (thetvdb.com)