On est maintenant en 4032. Wayward Pines est aux mains de la nouvelle génération, dirigée par Jason Higgins et Kerry Campbell et aidée par Megan Fisher, avec comme objectif de faire perdurer la vision de Pilcher, quoiqu'il en coûte. Un groupe de rebelles mené par Ben Burke tente de se révolter. Par un flashback dans les années 2000, on découvre le docteur Theo Yedlin, chirurgien cardiaque, au moment où il est "recruté" par Arnold Pope. On retrouve Yedlin réveillé à Wayward Pines où, sentant la situation anormale, il tente d'abord de s'enfuir et découvre un lieu d’exécution. Finalement attrapé, il se voit contraint de procéder à une opération chirurgicale sur Kate Hewson. Theo assiste ensuite à un discours de Jason sur la rue principale, où le jeune homme feint de tenter de mettre fin pacifiquement à la révolte, pour finalement exécuter une rebelle et arrêter Ben et ses acolytes. Dans la foule, Theo retrouve sa femme, Rebecca, déjà installée à Wayward Pines. Plus tard, on assiste au suicide de Kate, qui préfère quitter ce monde que d'y vivre dans ces conditions. À la tombée de la nuit, Theo est jeté dans un camion en compagnie de Ben, et le camion est envoyé au-delà de la clôture, à la merci des Abbies. (thetvdb.com)